Ugyanis ezen keresztül bonyolódott a hazai gabonakereskedelem jelentős hányada, összekötve a fővárost az Adriával.

A Déli Vasút egykor a Dunántúl egyik legfontosabb közlekedési vonalait üzemeltető cég volt, amelynek jogutódját csak 1932-ben államosították. Ez a vasúttársaság építette meg a mai Budapest-Déli pályaudvarról induló balatoni vonalat is, amely 1861-ben érte el Kanizsát, a mai Nagykanizsát. És persze ez a társaság létesítette 160 éve a Déli pályaudvart is.

A Déli pályaudvar elhelyezését széles körű vita előzte meg. A budai polgárság egy része, főképp a gabonakereskedelemben is érdekeltek, a pályaudvart a Duna partra szerették volna építtetni, ahol közvetlen csatlakozást kaphat a dunai hajózáshoz. Mások messze a városon kívül szerették volna megállítani a vasútépítést. A társaság a polgárváros közelében kívánta megépíteni pályaudvarát.

A pályaudvar végül a Vérmező mellett, a Lánchíd és az alagút folytatásában épült meg, a munkálatok 1859 szeptemberében kezdődtek, és majd egy éven keresztül, 1860 nyaráig tartottak.

Az új vonalon a teherforgalom már 1861. március 22-én megindult. Ugyanezen a napon keltezték a vasúttársaság hirdetményeit, amelyekkel közzétették a vonal megnyitását. Buda és Kanizsa között ekkor 14 állomást nyitottak meg a közforgalomnak.

Az első menetrendben meghirdetett személyvonat 1861. április 1-jén futott ki a Déli pályaudvarról.

A vasúttársaság fából épített vonatfogadó csarnokát közrefogta a felvételi épület két átellenes, indulási és érkezési feladatokra tagolt oldala. Ezen típusú csarnokok hatására épült a későbbi Nyugati pályaudvar és Keleti pályaudvar ma is létező csarnoka. A növekvő forgalom miatt 1901-ben új jegyváltó előcsarnokot adtak át.

A mai felvételi épület Kőváry György Ybl-díjas építész tervei alapján épült, a pályaudvart két lépcsőben építették át. Az elsővel 1963-ban végeztek, egy kisebb várócsarnokot és ehhez vezető kecses vasbeton lépcsőket mutatott az épület a Vérmező felé. A második lépcsőben, 1970-1975 között épült ki a fejépület mai teljes tömbje. Az építész ezen munkájáért kapta az Ybl-díjat.