A Trefort-kert az újkori magyar felsőoktatás egyik legfontosabb helyszíne, nevét Trefort Ágoston kultuszminiszter után kapta.

A kert az ekkor még egy karon folyó bölcsész és természettudományi, valamint kis részben az orvosi és állatorvosi képzésnek adott helyet, négy évtizeden át a Műegyetem is itt működött.

Az 1635-ben Nagyszombatban megnyílt, Pázmány Péter jezsuita bíboros által alapított egyetem hosszú, közel két és fél évszázados vándorlást követően nyerte el méltó helyét a pesti Trefort-kertben. Magyarország legrégibb megszakítás nélkül működő egyeteme eredetileg két karral, a bölcsészeti (1635) és a teológiai (1638) fakultással kezdete meg működését, később a jogi (1667) és az orvosi (1769) képzés egészítette ki az intézményt klasszikus, négy karral rendelkező egyetemmé.

Az 1867-es osztrák-magyar kiegyezést követően hatalmas fejlődésnek indult a magyar oktatási rendszer. A tudományok művelésének elősegítése, illetve ehhez kapcsolódóan az egyetemi oktatás színvonalának javítása a 19. századi magyar nemzetépítés egyik alapvető eleme volt. Ennek egyik legfontosabb hozadéka, hogy a korábban az egyetem füvészkertjeként működő területen felépítették a Királyi Magyar Tudományegyetem és a Királyi József Műegyetem első épületeit. A Grassalkovichok tulajdonában lévő telket még 1809-ben vették meg és alakították át egyetemi füvészkertté, amely 1847-ig működött itt. A kert melletti egykori Kunewalder-házat már 1859-ben megvette a tudományegyetem az akkori Országúton (a mai Múzeum körút). Itt kapott helyet többek között Semmelweis szülészete, Balassa sebészete és az állatorvosi tanszék.

Az egyetem a kiegyezés idején az egyre bővülő oktatási kínálat, a növekvő hallgatói létszám miatt nehéz körülmények között tudott már csak működni a szűkös Egyetem téri épületben, ahol ma már csak a jogi kar található. Ekkor határozták el, hogy az akkor egységes (1949-ig a természettudományokat is magában foglaló) Bölcsészkar számára a későbbi Trefort-kertben építenek új épületeket. Jól jellemzi az egyetem fejlődését, hogy a Bölcsészkaron 1867-ben még csak huszonegy tanszék volt, ez a szám 1888-ban harminckilencre, 1914-ben negyvenhétre növekedett. Az első világháború kirobbanása előtt kevés olyan tudományterület akadt, amelyik nem rendelkezett egyetemi katedrával, a pesti Bölcsészkar kínálatával és színvonalával egyaránt felzárkózott a nagy európai egyetemek mellé, Budapest a 20. század elején Európa egyik jelentős szellemi-kulturális központjává vált, világhírű tudósok sorát nevelte ki.

Az Osztrák-Magyar Monarchia idején készültek el a kert ikonikus épületei, amelyeket a korszak legkiválóbb mérnökei terveztek. A tudós-politikus Trefort Ágoston kultuszminisztersége idejére (1872–1888) esett, majd utódai alatt is folytatódott a nagyszabású építkezés. A Trefort-kert első épülete a Than Károly vezette Vegytani Intézet számára épült a heidelbergi egyetem mintája alapján, Wágner Károly tervei alapján. 1874-ben adták át az Élettani Intézetet az orvosi karral közös használatra. Az Állat- és Ásványtani Intézet 1884-ben, a Fizikai Intézet 1886-ban készült el, mindkettőnek Wéber Antal volt a tervezője. A Műegyetem számára épült Kémiai Épület (1882), valamint a Magyar Királyi József Műegyetem főépülete (1880–82) az Országházat is tervező Steindl Imre kiemelkedő jelentőségű munkái. A Műegyetem Építészeti Osztálya épületét (1891) Hauszmann Alajos, a Gólyavárat (1897), a Trefort-kert leghíresebb épületét pedig Petz Samu tervezte.

A hálás utókor 1904-ben szobrot emelt Trefort Ágostonnak a campuson, az egykori füvészkertet pedig Trefort-kertnek nevezték el. A Trefort-kert a 19. század utolsó harmadától a mai napig a magyar felsőoktatás egyik legfontosabb színtere, jelenleg az 1950-ben Eötvös Lorándra átnevezett budapesti tudományegyetem Bölcsészkara található itt.

A Trefort-kert Történelmi emlékhely.