A természeti kincsekben, növényi ritkaságokban gazdag budapesti Füvészkert területen értékes műemlékek, emlékművek is találhatók.

Winterl Jakab, a vegytan és a botanika professzora, 1771-ben teremtette meg Magyarország első botanikus kertjét. A botanikus kert már kezdettől fogva az orvos – és gyógyszerészképzés segítése mellett feladatának tekintette a hazai flóra kutatását. 1777-ben az Egyetem Budára, a királyi várba költözik. A botanikus kert pedig a mai Krisztina tér és a Déli pályaudvar közötti területen folytatta működését. Hamarosan azonban újabb költözködésre kerül sor. II. József feloszlatja a szerzetesrendeket, s a Ferencesek kolostorkertjét (a mai Kossuth L. u. és Reáltanoda u. közötti terület) az egyetemnek adja botanikus kert létesítésére. Winterl Jakab 1788-ban adja ki a botanikus kert első magcsere-katalógusát (Index Horti Botanici Universitatis Hungaricae), melyben nemcsak a kertben található, mintegy 1600 növényfaj neve szerepel, hanem itt olvashatjuk számos Kárpát-medencei elterjedésű növény első, rézmetszetekkel illusztrál, tudományos leírását.

Európai hírű Kert a 19. században

Winterl halála után, 1807-ben munkatársa, nagy hírű utóda, Kitaibel Pál, a XVIII-XIX.sz. nagy magyar polihisztora veszi át a Kert vezetését, aki a Kárpát-medence természetrajzi feltárásában elévülhetetlen érdemeket szerzett. Kitaibel élete utolsó éveiben jelentős energiát fektet az újabb költözködés lebonyolításába. Az új Kert helyét az akkoriban lebontott városfalon túl jelölik ki, a mai Múzeum krt. (Országút), Rákóczi út (Kerepesi út) és Puskin u. (Ötpacsirta u.) által határolt területen.

1817-ben az erfurti származású Haberle Károly professzor veszi át a Kert irányítását. Kiterjedt nemzetközi kapcsolatai, külföldi tanulmány- és gyűjtőútjai eredményeként rövid idő alatt európai hírűvé fejleszti a közel 10 000 fajt bemutató kertet. Haberle 1832-ben bekövetkezett tragikus halála véget vet a Kert aranykorának. Súlyosbítja a helyzetet az 1838-as nagy pesti árvíz is. Sadler József a Nemzeti Múzeum múzeulógusa lesz egy időre a Kert igazgatója.

A reformkor a hányatott sorsú Botanikus Kert történetében is fordulópontot jelentett. József nádor támogatásával az Egyetem 80 000.- Ft-ért megvásárolja a Festetics család Józsefvárosban lévő 10 hektáros birtokát (1847). Ez a park, amelyben a Polláck Mihály által tervezett – egy, a már a 18. században barokk stílusban épült földszintes épület kibővítésével – 1802-ben felépült vadászkastély is áll, azóta is az Egyetem kezelésében álló Botanikus Kert otthona.

A szabadságharc bukása utáni évek nem kedveztek az új helyre költözött Botanikus Kert életrekelésének. Gerenday József, a Kert igazgatója, aki a Pesti Állatkert létrehozásának gondolatával is foglalkozott nem járt sikerrel. A botanikus kertben felépítendő oktató-előadóteremmel egybeépített pálmaház tervei nem valósultak meg, csupán irattárunk számára jelentenek becses értéket.

A fiatalon, 48 éves korában elhunyt Gerenday után 1862-ben Kováts Gyulát a Magyarhoni Földtani Társaság egyik alapítóját, a hazai ősnövénytan (paleobotanika) megteremtőjét, aki az egyetemen állattant és növénytant is oktat, kérik fel a Botanikus Kert vezetésére. Súlyos betegsége azonban váratlanul vet véget botanikuskerti tevékenységének. Néhány hónapra kap lehetőséget a Kert vezetésére Gönczy Pál, a 19. század országos hírű pedagógusa, az időtájt a pesti református gimnázium igazgatója, későbbi Vallás- és Oktatásügyi Minisztériumi államtitkár, a tankötelezettség törvénybefoglalásának kiharcolója, a Magyar földrajzi Társaság egyik alapító tagja. Ezernél több facsemete elültetésével járul hozzá a Kert újraszületéséhez.

A Kert Linzbauer Ferenc sebészprofesszor igazgatósága idején indul nagy arányú fejlődésnek:1864-65-ben felépül az európai viszonylatban is jelentős méretű, ma is álló pálmaház. Ekkor kapnak emlékoszlopot a kertben az első Magyar Füvészkönyv szerzői, a növénytan magyar szaknyelvének megteremtői – Diószegi Sámuel és Fazekas Mihály, valamint a kert jelenlegi helyére kerüléséért, s a reformkor idején Pest városának szépítésében oly tevékeny szerepet játszó József nádor.

A 19. század utolsó évtizedeiben Jurányi Lajos igazgató és Fekete József főkertész munkája nyomán éli a kert újabb virágkorát. A 12 000 fajt számláló gyűjtemény nemzetközi hírnevű. 1893-ban felépül az országban máig is egyetlen Victoria-ház, melynek nagy vízmedencéje a trópusi, különleges szépségű amazonaszi tündérrózsának vagy a Paraguayból származó rokonának ad otthont.

Az eredetileg angolpark-stílusban létrehozott kert, a természetes forrással táplált tóval, szigettel, műromokkal tájképileg is szép látványt nyújtott a látogatóknak. Széleskörű népszerűségét azonban igazán Molnár Ferenc regényének köszönheti. A Pál utcai fiúk cselekményének fontos színhelye a Füvészkert. Ez utóbbi elnevezés, mely a nyelvújítás korából származik, a regény nyomán terjedt el, s lett máig is használatos.

A kiegyezés után a város (az egyesített Budapest) a századfordulóra már körülnövi az egykor a város határaitól oly messzinek tűnő Botanikus Kertet. Az egyetemnek a gyarapodó lakosság és az orvostudomány fejlődése következtében több klinikaépületre van szüksége, mert a Mária- és Baross utcai épületek már szűknek bizonyulnak. Jurányi Lajos utóda Mágócsy-Dietz Sándor professzor hiába hadakozik, fordul a legkülönbözőbb fórumokhoz segítségért, a Kert még az I. világháború előtt (1911-ig) elveszíti eredeti területének kétharmad részét. A regényes hangulatú és szakmai szempontból európahírű Füvészkert területén sorra magaslanak fel a klinikák épületei.

A megcsonkított botanikus kert a 20. században

A két világháború közötti fellendülés időszakában Tuzson János professzor vezetése idején új üvegházak épülnek a rovaremésztő növények, a páfrányok és a kaktuszok számára. Ekkor készül a Magyar Közép-hegység növényeit bemutató nagy sziklakert. Az üvegházi növények teljes pusztulását hozó II. világháború után a Kert csak az 50-es években tér magához. Soó Rezső akadémikus, professzor saját evolúciós rendszere szerint alakíttatja át a rendszertani gyűjteményt. 1960-ban sikerül elérnie a kert országos értékű természetvédelmi területté nyilvánítását. A háború idején rombadőlt műemlék jellegű pálmaház rekonstrukcióján (1965-66) kívül egy új kutatólaboratórium létrehozása is ekkor valósul meg.

1984-ben az elöregedett, régi kis üvegházak helyén korszerű, új bemutatóház épül, majd egy évvel később még egy üvegház, melyben a gyűjtemények gyarapítására és az eladásra szánt növények szaporítása folyik.
1992-től a Botanikus Kert a Magyar Arborétumok és Botanikus Kertek Szövetségének alapító tagja.
1998-tól a Botanikus Kert a Botanic Gardens Conservation International www.bgci.org nemzetközi botanikuskerti szervezet tagja.
2001-től a Botanikus Kert az egyetemnek a Természettudományi Kartól független, közvetlenül a a rektori vezetés alá tartozó egysége.
2005. szeptemberétől az ELTE Botanikus Kertje a Magyar Örökség díj tulajdonosa, 2006 májusában pedig, mint Kulturális Örökség került védelem alá.
2006-tól az új Felsőoktatási Törvény szerint a Botanikus Kert az Egyetem különleges oktatási egysége, s mint ilyen kedvező távlatoknak néz elébe: a több mint 230 éves múlt szellemének megőrzésével, a jelenelgi nemzetközi elvárásoknak megfelelve kívánja a Botanikus Kert folytatni tevékenységét. A napjainkban világszerte elfogadott meghatározás szerint a korszerű botanikus kert hosszútávon megőrzött, pontosan identifikált élő növényeknek olyan gyűjteménye, mely egyaránt szolgálja az oktatás minden szintjét, a tudományos kutatást, a széleskörű ismeretterjesztést, természetvédelmi és környezetvédelmi nevelést, s a veszélyeztetett fajok megőrzésével, mesterséges szaporításával eredményesen járul hozzá a biológiai sokféleség megőrzéséhez.