A neobarokk stílusú templomot  1938-ban Serédi Jusztinián hercegprímás szentelte fel Szent Imre napján.

A Ciszterci rend 1912-ben kezdte meg munkáját a XI. kerületben – ebben az évben alapították meg a ciszterciek budai gimnáziumát is, amely ideiglenesen a Váli utcai elemi iskola III. emeletén kapott helyet. A zirci apát, Békefi Remig a Villányi út (akkoriban Szent Imre herceg útja) 3-7. szám alatti telken templomot, iskolát és rendházat tervezett építeni.

1923-ban jött létre a Kelenföldi Nagyboldogasszony Plébánia, 1924-re készült el a plébániaház és az ideiglenes Nagyboldogasszony templom. A végleges templom tervének elkészítésével Wälder Gyula egyetemi tanárt bízták meg úgy, hogy a templom bal oldalán a gimnázium, jobb oldalán a rendház is helyet kapjon. Az épületeket szobrokkal díszített kolonnád kötötte volna össze. A gimnázium 1929-ben készült el. A régi, kis templomot lebontották, a rendházra a háború, majd az államosítás miatt nem került sor. A neobarokk stílusú templomot (921 m²) 1938-ban Serédi Jusztinián hercegprímás szentelte fel Szent Imre napján.

A neobarokk templom szabadon állóan, vasbeton szerkezettel készült, háromhajós, a bazilikák szokásos elrendezését követő kialakítással az oldalhajók előtt álló két homlokzati toronnyal. A háromhajós épület ugyan történelmi formákat mutat, ám egyszerű kompozícióját, szerkezetét tekintve a korszak modern templomaihoz hasonlítható. A templom homlokzatán a Szűzanya látható a kis Jézussal, hódoló magyar szentek körében. A szobrokat Dankó József készítette. A főoltárkép Szent Imrét ábrázolja, amint életét felajánlja a Boldogságos Szűznek, fölötte a Szent Korona látható (Takács István művei). Az oltárt magyar szentek neobarokk szobrai veszik körül, alkotójuk Markup Béla. A templom kazettás mennyezete magyar népművészeti munka.

Kerületet 1930-ban, a Szent Imre jubileumi év alkalmával Szentimrevárosnak nevezték el, ami a plébánia nevébe is belekerült. A plébániát a rendek feloszlatása után, 1951-ben az egyházmegye kezelésébe adták át, majd a rendszerváltáskor, 1989-ben visszakapta a Ciszterci Rend.

2001-ben a templom és a gimnázium közötti téren állították fel Klebelsberg Kuno emlékművét, mert az egykori vallás- és közoktatásügyi miniszter nagymértékben hozzájárult a ciszterciek iskolájának létrehozásához, valamint a rend működéséhez is. Az 1939-ben, eredetileg a IV. kerületben felavatott szoborcsoport Grantner Jenő alkotása. A II. világháború alatt a szoborkompozíció megsérült, így azt elbontották, és a 2000-ben történt helyreállítása után került a XI. kerületbe. A főalak középen Klebelsberg Kuno, mellette a férfi mellékalak a tudományt, a női mellékalak pedig a művészetet szimbolizálja.

2016-ban a főbejárattól nézve a templom bal oldalán Orbán Tibor építész tervei alapján egy kápolnát alakítottak ki, amely a szegények orvosáról, Batthyány-Strattmann Lászlóról kapta a nevét. A kápolna hagyományőrző jellege mellett a mai kor stílusát is magában hordozza.